Kot kraj se Bogojina prvič omenja leta 1208 v listini madžarskega kralja Andreja II.; gre za zemljišče, imenovano Lyndwa, t.j. Gornja Lendava, danes Grad na Goričkem. Meja tega zemljišča je potekala mimo Bogojine “ad villam Bogma”, do vasi Bogojina. Namesto “Bogma” se lahko težko beljiv rokopis bere tudi kot “Bogina”, kar je verjetno pravilneje. Ime kraja je slovenskega izvora: “Bagonya”, v listini iz leta 1322. To vključno priznavajo madžarski znanstveniki, ko so raziskali izvor besede “Bogod” (=Bog), srednjeveškega kraja na Madžarskem. Nosnik “a”, izgovorjava “o”.
V listini iz leta 1371 beremo: “possessio Baganya vocata, in qua ecclesia in honorem S. Trinitatis esset constructa,” t.j. zemljiška posest Baganya, na tej posesti je bila zgrajena cerkev v čast presveti Trojici. Cerkev in župnija sta torej nastali med leti 1334, ko je papež Janez XXII. Uvedel praznik presvete Trojice, se pravi sredi 14. stoletja.
Vse vasi bogojinske župnije se prvič skupaj imenujejo leta 1379. Bile so na zemljiški posesti lendavskih Bánffyjev: Bogojina, Bukovnica, Filovci, Ivanci in Strehovci.
Cerkev, prvotno posvečene presveti Trojici je bila ok. leta 1793 preimenovana v cerkev Gospodoveha vnebohoda. Župniki so namreč zatrjevali, da so Gospodov vnebohod kot farni patrocinij obhajali že od nekdaj.
Srednjeveško cerkev so v letih 1925-1927 povečali po načrtih arhitekta Jožefa Plečnika.
1. Sv. Vid, Strehovci, 1827
2. Sv. Urban, Bogojina, 1829
3. Sv. Janez Krstnik, Ivanci, stara 1884; nova 1991
4. Sv. Križ, Bukovnica, 1905
5. Sv. Marija Pomočnica, Filovci, 1938
6. Sv. Jožef Delavec, Strehovci, 1980
7. Kraljica družine, Filovci, 1998
Župnija Bogojina, dekanija Lendava, je do leta 1777 spadala pod škofijo Zagreb, nato pa pod skofijo Szombathely, od leta 1923 pa do 1964 kot apostolska administratura pod škofijo Maribor, od leta 1964 sestavni del lavantinske-mariborske škofije; vmes med 2. svetovno vojno (1941-1945) in še leto dni potem je spadala kot apostolska administratura pod škofijo Szombathely ter nato od leta 2006 pod škofijo Murska Sobota.
Pred reformacijo se omenjata dva katoliška župnika. Leta 1501: “Plebanus in Bagonja” (župnik v Bogojini), leta 1512 pa župnik Anton.
Dolnjelendavski zemljiški gospod Štefan Bánffy (1522-1568) je postal evangeličan, prav tako tudi njegov sin Nikolaj (1547-1593). Verjetno je bil vsaj v zadnjih letih tega zemljiškega gospoda v Bogojini evangeličanski pastor. Ko se je Nikolajev sin Krištof oklenil kalvinizma je gotovo tudi v Bogojini nastopil Kalvinski duhovnik. Leta 1618 je bil v Bogojini kalvinski duhovnik Gasper Skaricza, nato pa Nikolaj Dankoczi (iz Dankovec), leta 1634 pa János Oletitz. Ta je prestopil v evangeličansko vero. Leta 1646 je pastiroval v Bogojini evangeličanski duhovnik Štefan Cserniavits (Csernyevich-Csernadics) in kot se omenja tudi še leta 1651.
Zagrebška vizitacija bogojinske župnije iz dne 29. Aprila 1669 omenja katoliškega župnika z imenom Matija Pavel Tusilovič (Mathias Paulus Tussilovich). Sledi vrsta bogojinskih župnikov oz. župnijskih upraviteljev:
1. Matija Pavel Tusilovič (1669-)
2. Ambrož Nikolaj Piskovič (1679-
3. Matija Slavič (1689-1690)
4. Matija Frlanič (1690-1691)
5. Ivan Kalčič (1691-1694)
6. Štefan Blaževič (1694-1697)
7. Ivan Zadravec (1697-1729)
8. János Lendvay (1729-1759)
9. Nikolaj Šimon (1759-1763)
10. Jurij Tudor (1763-1763, kak mesec)
11. Mihael Ladislav Horvat (1763-1783)
12. P. Arsenius Vertarič (1783-1784)
13. Pavel Gyursenitz (1784-1785)
14. P. Daniel Chverger (1785-1785, kak mesec)
15. Franc Grahovec (1785-1790)
16. Nikola Miholits (1790-1794)
17. Jurij Henich (1794-1794, dva meseca)
18. Ivan Virágh (1794-1811)
19. Štefan Benkovič (1811-1854)
20. Jožef Šiftar (1854-1855)
21. Štefan Raizar (1855-1886)
22. Peter Kolar (1886-1886, nekaj mesecev)
23. Jožef Horvat (1886-1907)
24. Jožef Sahovič (1907-1908)
25. Ivan Baša (1908-1931)
26. Janez Nepomuk Breznik (1931-1931, 7 mesecev)
27. Jožef Hauko (1931-1951)
28. Jožef Gjuran (1951-1986)
29. Dr. Stanislav Zver (1986-)